Ia sempat dipercayakan sebagai Direktur YLBHI-LBH Manado pada tahun 1996 sampai 2002.
Organisasi yang saat itu sering tampil membela masyarakat kecil.
Franky juga sempat diserahi tugas sebagai Ketua DPC IKADIN Manado.
Selain persoalan kemanusiaan di bidang hukum, ia juga terpanggil untuk mengabdikan diri untuk mendampingi persoalan lingkungan hidup.
Bahkan Franky pernah menduduki posisi Ketua Dewan Daerah Walhi Sulut.
Suami tercinta dari Elsje R Sumual ini tercatat pernah melakukan pendampingan kepada masyarakat.
Baik advokasi kasus tanah maupun lingkungan hidup. Contoh pendampingan kasus SUT di Kaneyan, kasus PT Newmont di Ratatotok dan kasus PT di Boyong Atas.
Puncak advokasi Franky sebagai Direktur YLBHI-LBH Manado adalah kala ia dipercayakan sebagai pengacara Tim Pembela Demokrasi Indonesia pimpinan Megawati Soekarno Puteri di Pengadilan Negeri Manado pada tahun 1997.
Awalnya, ia hanya sebagai sekretaris tim, tapi tak lama kemudian, penyuka olahraga ini menjadi ketua tim, pasca mundurnya ketua tim akibat diintimidasi.
Franky juga menyadari bakal memikul tanggungjawab sekaligus resiko besar, namun ia tak gentar.
Perjuangannya membuahkan hasil, PN Manado memenangkan gugatan TPDI dan mengakui Megawati Soekarno Puteri sebagai Ketua Umum PDI.
Sejarah mencatat, pada saat sidang pengumuman, Mega turut hadir bersama Sekjen Alexander Litaay.
Sebelumnya tokoh pendiri PDI Sabam Sirait juga memberikan kesaksian.
Nama Franky Wongkar, saat itu makin terkenal dan atas sumbangsihnya bersama tim yang menorehkan sejarah itu, ia ditawari bergabung dan menjadi caleg dari PDI Perjuangan oleh Freddy Sualang jelang Pemilu 1999.
Anehnya, saat itu ia menolak secara halus.
“Saya masih akan konsentrasi di LBH Manado”, kenangnya.
Kendati begitu, ia tetap berhubungan akrab dengan politisi-politisi partai berlambang kepala Banteng ini.
Perlahan-lahan ia mulai tergerak untuk terjun ke dunia politik.
